В соответствии с Уставом города Ханты-Мансийска структуру органов местного самоуправления города Ханты-Мансийска составляют:
- Представительный орган муниципального образования – Дума города Ханты-Мансийска;
- Глава муниципального образования – Глава города Ханты-Мансийска, исполняющий полномочия председателя Думы города Ханты-Мансийска;
- Местная администрация – Администрация города Ханты-Мансийска
- Контрольный орган муниципального образования – Счетная палата города Ханты-Мансийска.